赛尔号飞船在巡逻时截获一段来自银河系边缘的远古信号，经阿铁打破译，指向传说中能重启整个宇宙生态的凤凰神兽。与此同时，欧比组织派出了新杀手“影子”提前抵达，企图捕获凤凰用于制造生物兵器。赛小息、卡璐璐、阿铁打三人小队偷偷离舰，穿越陨石区、重力陷阱和硅基生命墓地。在最终神殿，他们发现凤凰神兽并不是一只大鸟，而是一种不断分裂的等离子意识体。影子要强行捕获导致凤凰暴走，赛小息牺牲了自己的芯片记忆体去“听懂”它的语言。

儿童向科幻动画中少有的硬核设定，凤凰作为“意识体”而非神兽颇有哲学味。牺牲情节对孩子来说略催泪，但整体冒险节奏明快，比剧集版电影质感强很多。